Perusahaan memiliki enam wilayah operasi. Lima di antaranya terletak di Kalimantan Timur dan satu kontrak penambangan berada di Kalimantan Selatan serta sebagian Kalimantan Tengah. Total wilayah konsensi adalah 87.565 hektar.

Sampai dengan 31 Desember 2009, diperkirakan jumlah sumber daya batubara adalah 1.650 juta ton, sedangkan jumlah cadangan 294 juta ton.

PT Indominco Mandiri
Konsesi PT Indominco Mandiri seluas sekitar 25.121 Ha terdiri dari areal Blok Barat serta areal yang baru dibuka, Blok Timur, dengan sebanyak 15 permuka kerja dengan jumlah cadangan dan sumber daya batubara sub-bituminus pada akhir tahun 2009 tercatat sebesar masing-masing 135,45 juta ton dan 743,09 juta ton. Areal Blok Barat memproduksi batubara dengan nilai kalori 6.300 kkal/kg dan kandungan sulfur 0,90%. Batubara dari Blok Timur memiliki kadar kalori 6.000 kkal/kg batubara dengan kandungan sulfur 1,7%. Batubara diangkut dengan truk sejauh 35 kilometer ke Terminal

Produksi dari tambang PT Indominco Mandiri saat ini adalah 12,4 juta ton meningkat dari 10,7 juta ton pada tahun 2008, dan merupakan 60% persen dari produksi total ITM.

Untuk jangka panjang, studi kelayakan dan proyek uji-coba bagi proses penambangan dalam sedang dilakukan, guna mengevaluasi nilai ekonomi dari tambahan cadangan dan sumberdaya batubara sebesar masing-masing 11,8 juta ton dan 49,4 juta ton.

Proyek peningkatan kapasitas shiploading di BoCT, dari 12,5 juta ton menjadi 18,5 juta ton per tahun dan penambahan sebesar 2 juta ton per tahun dengan menggunakan fasilitas barge loading, telah memasuki tahap penyelesaian. Peningkatan tersebut dilakukan secara bertahap, mencakup: peningkatan kapasitas total shiploader, sistem barge loader, pemasangan sistem CBU, incoming belt conveyor dan perluasan stockyards. Ini diharapkan akan mengurangi proses penanganan berganda dan mempercepat proses pengapalan dan bongkar muat batubara dari dan ke kapal.

Sementara itu, proyek pembangkit tenaga listrik berbahan bakar batubara di Bontang diperkirakan akan mulai beroperasi tahun 2010, memasok kebutuhan listrik di areal Blok Timur dan BoCT. Proyek ini akan mengurangi ketergantungan terhadap pasokan energi eksternal dan memungkinkan pertumbuhan yang lebih terencana dan menguntungkan.

PT Trubaindo Coal Mining
Di areal konsesi PT Trubaindo Coal Mining seluas 23.650 Ha memiliki cadangan dan sumber daya batubara sub-bituminus masing-masing sebesar 78,27 juta ton dan 296,50 juta ton pada akhir tahun 2009 di areal Blok Utara dan areal Blok Selatan yang baru dibuka. Batubara sub-bituminus dengan nilai kalori berkisar antara 6.500-7.300 kkal/kg dan kandungan sulfur 0,8-1,4% diangkut dengan truk menempuh jarak sejauh 38 kilometer ke pelabuhan tongkang Bunyut di Sungai Mahakam, untuk kemudian diangkut dengan tongkang ke BoCT atau langsung ke pasar. Produksi tahun 2009 adalah 5,2 juta ton, meningkat dari 4,5 juta ton pada tahun 2008.

Dengan mulai beroperasinya areal Blok Selatan serta pengembangan proyek PT Bharinto Ekatama, saat ini berlangsung proyek-proyek pembangunan infrastruktur utama untuk jalan pengangkutan batubara, jembatan, dan fasilitas pencucian batubara yang dapat digunakan bersama oleh kedua tambang tersebut.

PT Jorong Barutama Greston
PT Jorong Barutama Greston memiliki areal konsesi seluas 11.478 Ha, dengan cadangan dan sumber daya batubara sub-bituminus sebesar 8,16 juta ton dan 146,60 juta ton, di akhir tahun 2009. Batubara dengan nilai kalori 5.300 kkal/kg dan kandungan sulfur antara 0,32-0,57% ini diangkut dengan truk sekitar 20 kilometer ke pelabuhan tongkang Jorong di tepi pantai.

Produksi batubara meningkat dari 2,4 juta ton di tahun 2008 menjadi 3,1 juta ton di tahun 2009, dikarenakan oleh peningkatan kinerja kontraktor, cuaca yang baik, dan perbaikan dalam aspek pengelolaan air. Dalam jangka pendek ke depan, tingkat produksi diperkirakan akan stabil.

PT Kitadin
Konsesi PT Kitadin (Embalut) seluas 2.973 Ha memproduksi batubara sub-bituminus dengan nilai kalori 5.850 kkal/kg dan kandungan sulfur 0,2%. Setelah sempat berhenti selama beberapa tahun, operasi penambangan mulai dilakukan kembali sejak bulan Juli 2009.

Mulai tahun 2011, konsesi PT Kitadin (Tandung Mayang) seluas 2.338 Ha direncanakan memproduksi batubara sub-bituminus dengan nilai kalori 6.800 kkal/kg dan kandungan sulfur 1,5%. PT Kitadin (Tandung Mayang) pada saat ini juga sebagai kontraktor penambangan dari sekitar 25% produksi batubara PT Indominco Mandiri.

PT Bharinto Ekatama
Konsesi PT Bharinto Ekatama seluas 22.000 Ha akan memproduksi batubara sub-bituminus dengan nilai kalori 6.800 kkal/kg dan kandungan sulfur 0,8%. Saat ini masih dalam tahap pembangunan praoperasional. Batubara akan diangkut dengan truk ke Pelabuhan Tongkang Bunyut yang dioperasikan oleh PT Trubaindo Coal Mining, dan dilanjutkan dengan tongkang ke BoCT atau ke tujuan lainnya.